가끔 바이오인포매틱스(bioinformatics) 관련 논문에서 binning이란 단어를 만난다. 사전적 용어로 'bin'을 찾아 보면, 쓰레기통, (흔히 뚜껑이 달린 저장용) 통을 말하는데, 통 감이 잡히질 않는데, 위키피디아에 따르면, 차세대시퀀싱 데이터를 다루는 생물정보학에서의 binning이란 특히 metagenomics에서의 의미는 읽기 reads 또는 콘티그 contigs를 그룹으로 묶고 개별적인 게놈 (genome)에 할당해 나가는 과정을 말한다. 예를 들어 보자. 아래 논문 초록을 보면, binnig의 의미와 함께 contigs가 나온다. 메타게놈 시퀀싱의 비약적인 발전으로 다양한 환경에서 직접 미생물 군집을 연구할 수 있다. Metagenomics binning은 미생물 군집의 종 특성화..

[과학체험] 현미경 체험 캠프 현미경 체험 캠프에 대해 공유하고자 한다. 이 캠프에서는 중고등학생을 대상으로 현미경의 작동 원리와 사용법을 배우고, 다양한 시료를 관찰하고 생각하는 시간을 갖게 된다 참가 신청서 링 nv2ngn.tistory.com 안녕하세요? NV2NGN입니다. 이 계산은 Window에 최적화 되어 있으며 컴퓨터 환경에 따라 시간이 조금 걸릴 수 있습니다. 화면에 뜨는 Blank box에 아래와 같이 순서대로 입력하세요. 아래 Ct 값은 최소 3번 반복하여 평균 값을 사용하기를 권장합니다. Enter the average Ct value of the internal control gene of the control group (대조군의 internal control 유전자(예, GAPD..

# 운전자 승객 가설(Drivers and Passengers Hypothesis)과 리벳 가설 (Rivet Hypothesis)의 차이 마이크로바이옴 세계에서 "운전자와 승객"가설 대 "리벳" 가설 최근 우리 몸에 서식하는 인간 마이크로바이옴은 아주 매력적인 연구 분야로 떠올랐다. 이 미생물은 인체에서 다양한 생리/생화학적 과정에 영향을 주면서 인간의 건강을 유지하는 데 중요한 역할을 하며 균형이 깨질 경우 질병에도 영향을 준다. 인체 마이크로바이옴 세계에서 두 가지 유명한 이론, "운전자 및 승객" 가설과 "리벳"가설은 다른 관점에서 이해하고 있다. # 운전자 승객 가설(Drivers and Passengers Hypothesis) 이 가설은 "운전자"라고 하는 특정 미생물 분류군이 인체 건강에 상당..

[과학체험] 현미경 체험 캠프 현미경 체험 캠프에 대해 공유하고자 한다. 이 캠프에서는 중고등학생을 대상으로 현미경의 작동 원리와 사용법을 배우고, 다양한 시료를 관찰하고 생각하는 시간을 갖게 된다 참가 신청서 링 nv2ngn.tistory.com # 뉴젠트 점수 (Nugent scores)란? 뉴젠트 기준 또는 뉴젠트 점수 시스템이라고도 하는 뉴젠트 점수는 대개 질 감염인 세균성 질염(bacterial vaginosis, BV)을 진단하고 평가하는 데 사용하는 방법이다. 뉴젠트 점수 시스템은 질 도말의 현미경 검사를 바탕으로 질 마이크로바이옴 (vaginal microbiome)에 존재하는 박테리아의 유형과 양을 평가하는 것이다. BV는 정상적인 락토바실러스(Lactobacillus) 박테리아가 감소하..

[과학체험] 현미경 체험 캠프 현미경 체험 캠프에 대해 공유하고자 한다. 이 캠프에서는 중고등학생을 대상으로 현미경의 작동 원리와 사용법을 배우고, 다양한 시료를 관찰하고 생각하는 시간을 갖게 된다 참가 신청서 링 nv2ngn.tistory.com 백분위수(Percentile)와 백분율(Percentage)은 둘 다 상대적인 위치나 비율을 설명하는 데 사용되는 척도로 서로 다른 맥락에서 사용되며 고유한 의미를 갖는다. # 백분위수(Percentile)란? 백분위수는 다른 값과 관련하여 데이터 셋트 내에서 특정 값의 위치를 나타내는 통계적 척도다. 분포에서 주어진 값과 같거나 그 이하인 값의 백분율을 나타낸다. 일반적으로 표준화된 테스트, 인구 통계나 의료 통계와 같은 분야에서 데이터 셋트를 분석하고 비교..

플라크 생물막이란 미생물 커뮤니티로 구강 내에서 형성되며, 이빨 표면에 끈적거리는 얇은 막이다. 이 생물막의 구성 성분은 세균, 바이러스, 원생동물 등 다양한 미생물이. 플라크 생물막은 이빨 표면에 호스트(예를 들면 사람)와 세균 분자가 흡착 단계에서 시작한다. 예를 들면 이빨이 뚫리거나 치석 제거 후 침샘 단백질의 코팅인 융기막이 형성된다. 융기막은 이빨 표면에 접착하여 세균이 부착될 수 있는 기반을 제공하며 이를 통해 세균은 이빨에 달라붙고 생물막을 형성하기 시작하는 것이다. 대개 플라크 생물막을 초기에 구성하는 세균은 주로 양성 구균 세균이다. 예를 들면, Streptococcus mutans, Streptococcus mitis, Streptococcus sanguis, Streptococcus ..