안녕하세요? NV2NGN입니다. 오늘은 dDDH라는 용어에 대해 살펴 보겠습니다. 디지털 DNA-DNA 혼성화( Digital DNA-DNA hybridization, dDDH)는 서로 다른 두 박테리아 종이 얼마나 밀접하게 관련되어 있는지 확인하기 위해 미생물학에서 사용되는 현대 기술입니다. 쉬운 예를 들어 보겠습니다. 여기 두 종류의 박테리아의 DNA를 나타내는 서로 다른 두 세트의 LEGO 블록이 있다고 상상해 보세요. dDDH는 이 두 세트가 얼마나 잘 상호 교환되거나 서로 들어맞을 수 있는지를 측정합니다. dDDH 값이 높을수록 두 박테리아가 더 밀접하게 관련되어 있음을 의미합니다. 이 방법은 컴퓨터 알고리즘을 사용하여 DNA 서열을 비교하므로 디지털 방식입니다. 이는 가계도의 첨단 기술 버전과..

# 마이크로바이옴 분류의 중요한 도구, 16S ribosomal RNA (16S rRNA) 마이크로바이옴의 맥락에서 16S 리보솜 RNA(rRNA)는 박테리아와 고세균의 세포에서 발견되는 유전 물질의 한 유형이다. 16S rRNA는 특히 미생물의 분류 및 식별뿐만 아니라 미생물 군집의 다양성과 구성을 이해하는 데 중요한 역할을 한다. 16S rRNA 유전자는 16S rRNA 분자를 암호화하는 DNA 부분으로 고도로 보존되어 모든 박테리아와 고세균에 존재하지만 다른 종 사이에서 서열이 다르다. 이 서열 변이를 통해 16S rRNA 유전자 서열을 기반으로 미생물을 구별하고 분류할 수 있다. 예를 들면, 마이크로바이옴을 연구하기 위해 종종 장, 피부 또는 환경에서 얻은 것과 같은 미생물 샘플에서 DNA를 추출..

# 운영 분류 단위가 뭐야? 미생물 연구에서 OTU(운영 분류 단위)는 서열 유사성에 따라 정의되는 미생물 군집이다. OTU는 일반적으로 DNA 서열의 유사성을 기반으로 박테리아 및 기타 미생물을 개별 분류 단위로 그룹화하는 방법으로 사용된다. OTU를 생성하기 위해 일반적으로 미생물 샘플에서 16S rRNA 유전자와 같은 박테리아 게놈의 특정 유전자 또는 영역을 시퀀싱한다. 다음으로 샘플에 있는 서로 다른 미생물의 DNA 서열을 비교하고 동일한 OTU로 유사한 서열을 그룹화한다. OTU를 정의하는 데 사용되는 서열 유사성 수준은 연구에 따라 다를 수 있지만 공통 임계값은 97% 유사성이다. 이는 적어도 97% 동일한 두 시퀀스가 동일한 OTU로 그룹화됨을 의미한다. OTU는 다양한 샘플에서 미생물을 비..