[궁금계산] GC content 자동 계산하기 (on-line Calculator of GC content of DNA sequence)

GC content

 

 

안녕하세요? NV2NGN 입니다.

 

오늘은 GC content에 대해 알아보겠습니다.

 

분자 생물학에서 GC 함량은 구아닌(G) 또는 시토신(C)인 DNA 또는 RNA 분자의 질소 염기 비율을 나타냅니다.

이는 유전물질의 구조, 안정성, 기능에 영향을 미치는 중요한 척도입니다.

GC 함량의 계산은 매우 간단합니다. 여기에는 DNA 서열의 G 및 C 염기 수를 세고 합산한 다음 총 염기 수(아데닌(A), 티민(T), 구아닌(G) 및 시토신 C 포함)로 나누는 작업이 포함됩니다. 그런 다음 결과에 100을 곱하여 백분율로 변환합니다.

예를 들어, DNA 서열에 아데닌 10개, 시토신 20개, 구아닌 30개, 티민 40개가 있는 경우 GC 함량은 ((20 C + 30 G) / (10 A + 20 C + 30 G + 40 T)) * 100 = 50%.

분자 생물학에서 GC content가 가지는 의미는 뭘까요?

 

5가지 정로로 생각해 볼 수 있을 것 같습니다.

1. 열 안정성: GC 쌍은 AT 쌍의 2개와 비교하여 3개의 수소 결합을 형성합니다. 이는 GC 함량이 높은 DNA를 열적으로 더욱 안정적으로 만들어주며, 이는 PCR 및 기타 열 의존적 실험에서 매우 중요합니다.

2. 유전자 발현: GC 함량이 높은 유전자는 종종 더 적극적으로 발현됩니다. 이를 이해하면 유전자 조절 연구에 도움이 될 수 있습니다.

3. 게놈 진화: GC 함량은 유기체마다, 심지어 게놈 내에서도 매우 다양합니다. 이는 진화 과정에 대한 통찰력을 제공할 수 있습니다.

4. DNA 메틸화: GC가 풍부한 영역은 유전자 silencing 및 조절의 중요한 과정인 DNA 메틸화의 표적이 되는 경우가 많습니다.

5. 프라이머 디자인: PCR 실험의 경우 효과적이고 구체적인 프라이머를 디자인하려면 GC 함량을 이해하는 것이 중요합니다.

 

위이 간단한 계산식이 있지만, 서열이 너무 길다면 계산이 쉽지는 않습니다.

 

 

화면에 뜨는 white Blank box에 서열을 입력하세요.

(PC 환경에서 잘 작동하며, 특수문자와 공백을 제거할 때 잘 작동합니다.)

 

하단 검은 화면에 GC content가 수치(% 제외)로 나타납니다.

새로 고침하면 다시 작동합니다.

 

지금까지 NV2NGN 이었습니다.

 

감사합니다.

 

 

 

seq = input('Enter your DNA sequence: ') # Remove spaces, tabs, and other whitespace characters seq = ''.join(seq.split()) # Remove numbers seq = ''.join([i for i in seq if not i.isdigit()]) def gc_content(seq): seq = seq.upper() return round((seq.count('C') + seq.count('G')) / len(seq) * 100, 2) print(gc_content(seq))

 

 

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