2023. 4. 20. 22:59ㆍ카테고리 없음
# 역상보적인 서열 대량으로 바꾸기
DNA 핵산은 이중나선 즉 두 개의 가닥으로 서로 상보적인 결합을 통해 독특한 나선형 구조로 이루어져 있다.
아래와 같이 간단하게 생각해 보면, 이렇단 얘기다.
5'-ATCG-3'
3'-TAGC-5'
서열을 5'--->3' 방향으로 표시하자는 약속을 고려할 때 첫째 줄의 서열을 역상보적인 서열로 바꾸면,
5'-CGAT-3'이다.
이를 위해서는 먼저 첫째 줄의 이 서열을 TAGC로 상보적인 염기서열로 바꾸고,
다음으로 5'방향부터 3'방향으로 쓰면 원하는 역상보적인 서열이 되는 것이다.
이렇게 짧은 서열보다 시간 좀 걸리겠지만 더 긴 서열의 경우도 가능하겠다.
와, 세상에는 친절한 분들이 너무도 많다.
지식과 경험을 친절하게 기꺼이 공유하는 것이다.
이 분들의 노력과 공유에 감사하며, 이 분들의 도구를 알차게 사용해 보자.
TP53의 서열을 (mRNA도 좋고, DNA도 좋다...^^)
파스타 형식을 사용하여 위에 설명한 첫째 줄 서열의 역상보 서열을 바꿔 보자.
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>서열명
서열블라블라~
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NCBI에서 TP53 mRNA 서열을 아래와 같이 검색해서 파스타 형식으로 얻는다.
위 서열을 복사해도 좋고
그림 오른 쪽 상단에 Send to를 클릭하여 파스타 파일로 다운로드 받아도 좋다.
(파일 아래 첨부하였다...)
이 파일을 메모장에서 열어보면,
>NM_000546.5 Homo sapiens tumor protein p53~~~
GATGGGATTG~~~~
이 보일 것이다.
다음으로 역상보 서열로 전환해 주는 사이트를 방문해 보자
Reverse Complement
Reverse Complement converts a DNA sequence into its reverse, complement, or reverse-complement counterpart. You may want to work with the reverse-complement of a sequence if it contains an ORF on the reverse strand. [home]
www.bioinformatics.org
이 사이트를 들어가면
위와 같은 화면이 열리고, 친절하게 넣어줘야 할 서열의 형식 (파스타 형식)을 예제로 보여주고 있다. 아래 reverse-complememt 외에도 reverse, complememt를 선택할 수 있다.
여기에 TP53 파스타 서열을 넣어 보자.
이렇게~~~
SUBMIT 클릭하면,
하고 결과가 나온다.
복사하여 사용하면 된다.
자, 이렇게 긴~~~서열 한 개를 역상보 서열로 바꿔 보았다.
그렇다면, 이런 서열이 많을 경우에는???
일일이 하나씩 위 사이트를 이용해도 되겠지만,
우리에겐 시간이 소중하다.
이를 알고 시간을 절약해 주는 아래 사이트를 사용해 보자.
Reverse Complement
Reverse Complement converts a DNA sequence into its reverse, complement, or reverse-complement counterpart. The entire IUPAC DNA alphabet is supported, and the case of each input sequence character is maintained. You may want to work with the reverse-compl
www.bioinformatics.org
이 경우, 다수의 파스타 형식의 서열을 전환할 수 있으며 IUPAC이 지원된다는 장점이 있다.
위 예제의 3개의 파스타 형식의 서열이 있는 상태로 reverse-complement로 선택하고 Submit 하면,
위와 같은 결과 창을 볼 수 있다.
복사해서 사용하면 된다.
자, 이제 TP53 RNA 서열들 (isoform 서열이 꽤 많다.)을 파스타 형식으로 다운로드 받아
한꺼번에 역상보 서열로 전환해 보자!
또 한 가지, 이 사이트를 사용했을 경우 꼭 Citation 하는 것 잊지 말자!